การเตรียมท่อนไม้
ท่อนไม้ที่จะนำมาเพาะเห็ดควรมีเส้นผ่าศูนย์กลาง 10-12 ซม. และมีความยาวประมาณ 1 เมตร ควรเป็นท่อนไม้ที่ตัดมาใหม่ ๆ และไม่มียาง ถ้าเป็นท่อนไม้ยางพาราควรทิ้งไว้ประมาณ 1 สัปดาห์ เพื่อให้ยางแห้ง
การเจาะรูบนท่อนไม้
โดยทั่วไปใช้วิธีการเจาะ 2 แบบ คือ แบบใช้เหล็กตอกปะเก็นหรือฆ้อนสำหรับเจาะรูเห็ดหูหนู กับการใช้สว่านไฟฟ้าขนาดดอกสว่านที่ใช้ 4-5 หุน ควรเจาะท่อนไม้ให้ลึกพอประมาณและให้รอยเจาะอยู่ห่างกัน 8-10 ซม. ให้เป็นแถวโดยแต่ละแถวห่างกัน 6-8 ซม. เจาะให้มีลักษณะเป็นแถวสลับแบบฟันปลา
การใส่เชื้อในท่อนไม้
ใช้ลวดแข็ง ๆ ที่สะอาดและเผาไฟฆ่าเชื้อแล้วตีเชื้อเห็ดที่เจริญบนขี้เลื่อยให้ละเอียด พร้อมกับค่อนเทใส่รูที่เจาะบนท่อนไม้ จากนั้นให้ใช้ตะเกียบที่สะอาดลนไฟฆ่าเชื้อ แล้วกระทุ้งเชื้อเห็ดที่ใส่ในรูให้เชื้ออัดค่อนข้างแน่น แล้วอุดจุกด้วยยางสำเร็จรูป และใช้ฆ้อนทุบจุกกยางให้แน่นหลังจากนั้นให้อุดด้วยขี้ผึ้งไม่ให้น้ำเข้าไปถูกเชื้อเห็ด
การพักท่อนเชื้อ (การบ่มเชื้อ)
การบ่มหรือพักท่อนเชื้อให้บ่มในที่ร่ม โดยวางท่อนไม้แบบการวางหมอนรถไฟ ให้แต่ละท่อนห่างกกัน 1-2 ซม. หรือจะวางซ้อนกันก็ได้ ในระยะที่บ่มท่อนเชื้อต้องคอยระมัดระวังด้านความสะอาด ความชื้น โดยเฉพาะในช่วงฤดูหนาวจำเป็นต้องรดน้ำให้กับท่อนเชื้อบ้าง และควรมีการกลับท่อนเชื้อ โดยนำท่อนเชื้ออยู่ข้างล่างขึ้นข้างบน และท่อนเชื้อที่อยู่ข้างบนลงล่าง หลังบ่มท่อนเชื้อได้ 30-45 วัน เส้นใยจะเจริญเต็มท่อนไม้ ขั้นตอนต่อไปหลังจากการบ่มเชื้อแล้วก็คือ
การทำให้เกิดดอก
โดยย้ายไม้เข้าโรงเรือนเปิดดอก ซึ่งภายในโรงเรือนจะมีราวไม้สำหรับพาดท่อนไม้ ราวไม้แต่ละแถวห่างกันประมาณ 1.5 เมตร นำไม้ที่ผ่านระยะบ่มเชื้อแล้วมาแช่น้ำประมาณ 12-20 ชั่วโมง น้ำที่ใช้แช่ไม่ควรมีอุณหภูมิประมาณ 13-18 องศาเซลเซียส เพื่อกระตุ้นให้เห็ดออกดอกเร็วขึ้น และจะทำให้ไม้อ่อนตัวลง หลังจากแช่น้ำแล้วใช้ค้อนทุบตรงหัวไม้เรือนเปิดดอก ใช้ผาพลาสติกคลุมกองไม้ไว้ 3-4 วัน หรือจนกระทั่งออกดอกแต่บางแห่งนิยมคลุมไว้เพียง 1-2 วัน แล้วจึงเปิดพลาสติกออก ดอกเห็ดจะเกิดขึ้นหลังจากเอาไม้เข้าไปในโรงเรือนแล้วประมาณ 4-5 วัน รดน้ำวันละ 2 ครั้ง และผลผลิตจะเก็บได้หลังจากนั้นไปอีกประมาณ 4-5 วัน ระยะเวลาในการเก็บจะเก็บได้เรื่อย ๆ ประมาณ 10-12 วัน และเมื่อสังเกตว่าดอกเห็ดมีน้อยลงหรือมีแต่ดอกเล็ก ๆ ให้เริ่มต้นขั้นตอนการพักไม้หรือบ่มเชื้อไม้ ทำเช่นนี้เรื่อยไปจนกว่าไม้จะผุ ซึ่งถ้าปฏิบัติตามขั้นตอนอย่างถูกวิธีแล้ว ไม้ขนาดเส้นผ่าศูนย์กลางประมาณ 10-15 เซนติเมตร ยาว 1 เมตร จะเก็บผลผลิตได้ประมาณ 6-10 กิโลกรัม
การเก็บดอกเห็ดหูหนูที่เพาะจากท่อนไม้
ให้เลือกเก็บเมื่อดอกเห็ดโตเต็มที่แต่ยังไม่สร้างสปอร์ จะได้น้ำหนักเห็ดดีที่สุด ทำการเก็บเห็ดออกจากท่อนไม้มาทั้งกระจุก เพื่อที่จะให้ดอกเห็ดรุ่นต่อไปเจริญออกมาใหม่ได้ และสามารถเก็บดอกเห็ดได้ประมาณ 5-6 เดือน ดอกเห็ดก็จะเริ่มหมด แต่ก็สามารถกระตุ้นให้เกิดดอกเห็ดอีก โดยใช้ฆ้อนทุบด้านบนของท่อนไม้ เพื่อเป็นการกระตุ้นให้เส้นใยเจริญเติบโตใหม่
การปฏิบัติหลังการเก็บดอกเห็ดหูหนู
- การล้างทำความสะอาดดอกเห็ดหูหนู
- การนำดอกเห็ดแช่น้ำ 3-4 ชั่วโมง
- นำดอกเห็ดมาผึ่งลมบนตะแกรงให้สะเด็ดน้ำ 30-45 นาที
- การบรรจุเห็ดหูหนูสดเพื่อรอการจำหน่าย
ครั้ง 
