ข้อได้เปรียบของปุ๋ยอินทรีย์ 
๑. ช่วยปรับปรุงดินให้ดีขึ้น โดยเฉพาะคุณสมบัติทางฟิสิกส์ของดิน เช่น ความโปร่ง ความร่วนซุย ความสามารถในการอุ้มน้ำ และธาตุอาหารพืชของดินดีขึ้น ข้อดีข้อนี้ปุ๋ยอินทรีย์ทำได้แต่ผู้เดียวปุ๋ยเคมีไม่สามารถทำได้
๒. อยู่ในดินได้นาน และค่อยๆ ปลดปล่อยธาตุอาหารพืชอย่างช้าๆ
๓. เมื่อใช้ร่วมกับปุ๋ยเคมี จะส่งเสริมปุ๋ยเคมีให้เป็นประโยชน์แก่พืชอย่างมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น
๔. ส่งเสริมให้จุลินทรีย์ในดินโดยเฉพาะพวกที่มีประโยชน์ต่อการบำรุงดินให้ทำงานอย่างมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น
          
ข้อเสียเปรียบของปุ๋ยอินทรีย์ 
๑. มีปริมาณธาตุอาหารพืชต่ำ
๒. ใช้เวลานานกว่าปุ๋ยเคมีในการปลดปล่อยธาตุอาหารที่จะเป็นประโยชน์ให้แก่พืช
๓. ราคาแพงกว่าปุ๋ยเคมีเมื่อคิดเทียบในแง่ราคาต่อหน่วยน้ำหนักของธาตุอาหารพืช
๔. หายาก พิจารณาในแง่เมื่อต้องการเป็นปริมาณมาก

ข้อได้เปรียบของปุ๋ยเคมี
๑. มีปริมาณธาตุอาหารต่อหน่วยน้ำหนักของปุ๋ยสูง ใช้ปริมาณเพียงเล็กน้อยก็พอ
๒. ราคาถูกเมื่อคิดเป็นราคาต่อหน่วยน้ำหนักของธาตุอาหาร ประกอบกับการขนส่งและเก็บรักษาสะดวกมาก
๓. หาได้ง่าย ถ้าต้องการเป็นปริมาณมากก็สามารถหามาได้ เพราะเป็นผลิตผลที่ผลิตได้จากกระบวนการผลิตในโรงงานอุตสาหกรรม
๔. ให้ผลทางด้านธาตุอาหารเร็วกว่าปุ๋ยอินทรีย์

ข้อเสียเปรียบของปุ๋ยเคมี 
๑. ปุ๋ยเคมีไม่มีคุณสมบัติปรับปรุงสภาพทางฟิสิกส์ของดินกล่าวคือไม่ทำให้ดินโปร่งร่วนซุยเหมือนปุ๋ยอินทรีย์
๒. ปุ๋ยไนโตรเจนในรูปแอมโมเนียม ถ้าใช้เป็นปริมาณมากและติดต่อกันเป็นระยะเวลานานๆ จะทำให้ดินเป็นกรดเพิ่มขึ้น จำเป็นต้องใช้ปูนช่วยแก้ความเป็นกรดของดิน
๓. ปุ๋ยเคมีทุกชนิดมีความเค็ม ถ้าใช้ในอัตราสูง หรือใส่ที่โคนต้นพืชจะเกิดอันตรายแก่พืชและการงอกของเมล็ด การใช้จึงต้องระมัดระวัง
๔. ผู้ใช้ต้องมีความรู้ ความเข้าใจเรื่องปุ๋ยเคมีพอสมควร มิฉะนั้นอาจมีผลเสียหายต่อพืชและต่อภาวะเศรษฐกิจของผู้ใช้ (ทำให้ขาดทุนได้)

         
ดังนั้น จะเห็นว่าตามที่ได้กล่าวมานี้ ปุ๋ยเคมีและปุ๋ยอินทรีย์ควรจะมีบทบาทร่วมกันและสนับสนุนส่งเสริมกันที่จะสร้างผลประโยชน์ที่ดีที่สุดในแง่ความอุดมสมบูรณ์ของดิน  มากว่าที่จะเป็นคู่แข่งขันกันที่เกษตรกรจะต้องตัดสินใจเลือกเอาการใช้อย่างใดอย่างหนึ่ง  การใช้ปุ๋ยเคมีร่วมกับปุ๋ยอินทรีย์ดีที่สุด และควรเป็นนโยบายที่สำคัญในการใช้ปุ๋ยอย่างมีประสิทธิภาพ