ราที่พบในลูกแป้งจากการศึกษา ของนักวิจัยหลายคณะพบว่า ราที่พบมากที่สุดได้แก่ ไรโซปัส (Rhizopus spp.) และอะไมโลไมซิส (Amylomyces rouxii)  และยังพบราอีกหลายชนิดปะปน เช่น Penicillium , Aspergillus ดังนั้นหากมีราที่ไม่พึงประสงค์เกิดขึ้นอาจทำให้เกิดสารพิษอะฟลาทอกซิน ในสาโทได้

ราที่เหมาะสมในการหมักสาโทที่สุดคือ Amylomyces rouxii เพราะมีประสิทธิภาพในการ ย่อย แป้งให้เป็นน้ำตาลสูง และสร้างกรดในปริมาณที่เหมาะสม ในการปรับสภาพข้าวให้เหมาะกับ การเจริญของ ยีสต์ในการหมักช่วงต่อไป แต่ไม่เกิดรสเปรี้ยวมากเกินไป

 Mucor

ยีสต์หลักที่พบในลูกแป้ง คือ แซคคาโรไมคอปซิส ฟิบูลิเจอร่า (Saccharomycopsis fibuligera ) ซึ่งเป็นยีสต์ที่มีความสามารถผลิตน้ำย่อย ย่อยแป้งได้ แต่ในลูกแป้งกลับไม่ค่อยพบยีสต์ แซคคาโรไมซิส ซิริวิซิอี ( Saccharomyces cerevisiae ) ซึ่งเป็นยีสต์ที่ใช้ทำไวน์ ซึ่งขัดกับความเชื่อ เดิมที่ว่า ลูกแป้งเป็นแหล่งของยีสต์นี้ ซึ่งเป็นยีสต์ที่ทำให้เกิดการหมัก เพราะผลิตแอลกอฮอล์ได้ดี

แต่ในระหว่างการหมักสาโท ยีสต์ Saccharomycopsis จะเจริญได้เพียงช่วงแรกของการหมัก จากนั้น S.cerevisiae จะเป็นยีสต์ที่ดำเนินการหมักจนสิ้นสุด เนื่องจาก Saccharomycopsis ไม่ทน แอลกอฮอล์ แต่ยีสต์นี้อาจมีความจำเป็นในช่วงแรกของการหมัก เพื่อช่วยย่อยแป้งที่เหลือจากการ หมักด้วยเชื้อรา และอาจผลิตกลิ่นรสที่เฉพาะของสาโทก็เป็นได้ ซึ่งจำเป็นต้องมีผลงานวิจัยยืนยัน ต่อไป

แบคทีเรียที่เกี่ยวกับการหมักสาโท ในลูกแป้งและระหว่างการหมักสาโท จะพบว่ามีเชื้อแบคทีเรียบางชนิด เช่นแบคทีเรียที่ผลิต กรดแลคติก (กรดที่พบในแหนมและผักดอง) และแบคทีเรียที่ผลิตกรดอะซิติค (กรดน้ำส้มสายชู) ดังนั้นหากมีแบคทีเรียเหล่านี้ปนเปื้อน อาจทำให้สาโทเสื่อมเสียจากการเกิดรสเปรี้ยว หรือมีกลิ่นน้ำส้มสายชู กลิ่นหมักดอง กลิ่นลูกโป่งวิทยาศาสตร์ ขณะนี้กำลังมีการศึกษาบทบาทของแบคทีเรียกรดแลคติก ว่ามีผลต่อกลิ่น รสของสาโทอย่างไร